Amphibien
Der Stöffel-See zeichnete sich durch einen besonders hohen Kaulquappenreichtum, meist eines einzigen frühen Entwicklungsstadiums, aus. Kaulquappen mit Arm- und Beinansätzen sind selten. Dies lässt den Schluss zu, dass die Kaulquappen in unterschiedlichen Entwicklungsstadien verschiedene Lebensräume des Sees besiedelten. Bislang sind hauptsächlich Kaulquappen von Verwandten unserer heutigen Knoblauchkröten (Familie Pelobatidae) entdeckt worden. Sie wurden bis zu 20 cm lang!
Neben Fröschen aus der oben genannten Familie sind auch Exemplare der Froschfamilien der Ranidae (Verwandte der heutigen Gras- und Wasserfrösche), sowie der ständig im Wasser lebenden ausgestorbenen Froschfamilie Palaeobatrachidae (Gattung Palaeobatrachus) belegt.
Neben Froschlurchen wurden am Stöffel mehrere Schwanzlurche gefunden. Ihre heutigen Verwandten leben in Südostasien. Diese Salamander, Krokodilmolche genannt, sind auch aus anderen etwa zeitgleichen Lagerstätten (zum Beispiel Rott bei Bonn) bekannt. Sie lebten außerhalb der Laichzeit normalerweise auf dem Land. Dem Stöffel-See hatten sie sich besonders angepasst: Die Salamander blieben Zeit ihres Lebens an das Wasser gebunden.